Bu makale, molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131 ve molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonlar\u0131, kuantum mekani\u011fi ve birle\u015fik kuantum mekani\u011fi\/molek\u00fcler mekanik modelleme, s\u00fcrekli elektrostatik modelleme ve molek\u00fcler kenetlenme dahil olmak \u00fczere end\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131nda, \u00f6zellikle enzim m\u00fchendisli\u011fine rehberlik etmek i\u00e7in kullan\u0131lan ana hesaplamal\u0131 kimya y\u00f6ntemlerini tan\u0131tmaktad\u0131r. Bu y\u00f6ntemler metinde s\u0131ras\u0131yla iki perspektiften \u00f6zetlenmektedir: birincisi, y\u00f6ntemlerin temel kavramlar\u0131, orijinal hesaplamalar\u0131n sonu\u00e7lar\u0131, uygulanabilirlik ko\u015fullar\u0131 ve avantaj ve dezavantajlar\u0131; ikincisi ise mutantlar\u0131n ve mutant k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131na rehberlik etmek i\u00e7in hesaplamalardan elde edilen de\u011ferli bilgiler.<\/p>\n
Enzimlerin end\u00fcstriyel uygulamalar\u0131 y\u00fcz y\u0131ll\u0131k bir ge\u00e7mi\u015fe sahiptir ve enzim katalizi, y\u00fcksek verimlili\u011fi, y\u00fcksek \u00f6zg\u00fcll\u00fc\u011f\u00fc ve se\u00e7icili\u011fi ve \u00e7evre dostu olmas\u0131 nedeniyle g\u0131da, tar\u0131m, ila\u00e7 ve kimya end\u00fcstrisi gibi farkl\u0131 end\u00fcstrilerde yayg\u0131n olarak kullan\u0131lmaktad\u0131r [1-2].<\/sup> End\u00fcstriyel uygulama ortam\u0131, enzimlerin do\u011fada ya\u015fad\u0131klar\u0131 ortamdan \u00e7ok farkl\u0131 oldu\u011fundan, do\u011fal enzimlerin do\u011fas\u0131 ve katalitik i\u015flevi ile uygulama ortamlar\u0131 genellikle uyu\u015fmaz veya optimal de\u011fildir. Bu durumda, enzimin performans\u0131n\u0131 art\u0131rmak i\u00e7in enzim m\u00fchendisli\u011fi yard\u0131m\u0131yla enzimin do\u011fal amino asit dizisini de\u011fi\u015ftirmek gerekir [3].<\/sup> En yayg\u0131n kullan\u0131lan enzim m\u00fchendisli\u011fi stratejisi, tarama i\u00e7in mutasyon k\u00fct\u00fcphaneleri olu\u015fturmakt\u0131r, yani laboratuvar y\u00f6nlendirmeli evrim [4].<\/sup> Etkili y\u00f6nlendirilmi\u015f evrim i\u00e7in gerekli \u00f6n ko\u015fullardan biri, taramaya tabi tutulan mutant k\u00fct\u00fcphanesinin k\u00fct\u00fcphane kapasitesinin (yani k\u00fct\u00fcphanede bulunan mutantlar\u0131n say\u0131s\u0131n\u0131n) k\u00fct\u00fcphanedeki potansiyel olarak faydal\u0131 mutantlar\u0131n oran\u0131na g\u00f6re yeterince b\u00fcy\u00fck olmas\u0131d\u0131r. Bir mutant k\u00fct\u00fcphanesinin boyutu genellikle tarama y\u00f6ntemi, mevcut kaynaklar ve di\u011fer nesnel ko\u015fullarla s\u0131n\u0131rl\u0131d\u0131r. Temel sorun, mutant k\u00fct\u00fcphanesindeki etkili mutantlar\u0131n y\u00fczdesinin nas\u0131l art\u0131r\u0131laca\u011f\u0131d\u0131r. Enzim dizisi, yap\u0131s\u0131 ve \u00f6nemli \u00f6zellikleri aras\u0131ndaki ili\u015fkinin derinlemesine anla\u015f\u0131lmas\u0131, mutasyon s\u0131cak noktalar\u0131n\u0131n belirlenmesine, mutasyon kapsam\u0131n\u0131n s\u0131n\u0131rland\u0131r\u0131lmas\u0131na ve kaliteli mutant k\u00fct\u00fcphane tasar\u0131m\u0131n\u0131n ger\u00e7ekle\u015ftirilmesine yard\u0131mc\u0131 olabilir. Hesaplamal\u0131 kimya y\u00f6ntemleri, bu anlay\u0131\u015f\u0131 kazanman\u0131n \u00f6nemli bir yoludur. Hesaplamal\u0131 tasar\u0131ma dayal\u0131 protein mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerinin, etkili mutantlar\u0131n y\u00fczdesini rastgele mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerine g\u00f6re birka\u00e7 b\u00fcy\u00fckl\u00fck s\u0131ras\u0131na g\u00f6re art\u0131rabildi\u011fi g\u00f6sterilmi\u015ftir [5].<\/sup> Baz\u0131 zor enzim m\u00fchendisli\u011fi veya protein m\u00fchendisli\u011fi konular\u0131 i\u00e7in, hesaplaman\u0131n getirebilece\u011fi \u00f6nemli geli\u015fme, konunun nihai ba\u015far\u0131s\u0131n\u0131 veya ba\u015far\u0131s\u0131zl\u0131\u011f\u0131n\u0131 belirlemek i\u00e7in yeterli olabilir ve bu art\u0131k verimlilik art\u0131\u015f\u0131 ile s\u0131n\u0131rl\u0131 de\u011fildir. Asl\u0131nda, hesaplamal\u0131 kimya ve hesaplamal\u0131 biyoloji y\u00f6ntemleri, do\u011fal enzimlerin sahip olmad\u0131\u011f\u0131 katalitik i\u015flevlere sahip yapay enzimlerin s\u0131f\u0131rdan tasarlanmas\u0131n\u0131 ba\u015far\u0131yla sa\u011flam\u0131\u015ft\u0131r. Bu alb\u00fcmdeki di\u011fer incelemeler, amino asit dizilerinin otomatik optimum tasar\u0131m\u0131 i\u00e7in y\u00f6ntemlere ayr\u0131ld\u0131\u011f\u0131ndan, bu makale belirli bir amino asit dizisine sahip enzimleri sim\u00fcle etmek ve analiz etmek i\u00e7in hesaplamal\u0131 y\u00f6ntemlere odaklanacakt\u0131r. Elbette, ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar bu y\u00f6ntemleri vah\u015fi tip ve mutantlar\u0131 ayr\u0131 ayr\u0131 incelemek ve ard\u0131ndan sonu\u00e7lar\u0131 kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rmak i\u00e7in kullanabilirler. 1<\/p>\n Klasik molek\u00fcler mekanik kuvvet alanlar\u0131na (MM) dayal\u0131 molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonu (MD)<\/p>\n 1.1<\/p>\n Y\u00f6nteme giri\u015f<\/p>\n \u015eimdilik enzim katalizine dahil olan kimyasal de\u011fi\u015fiklikleri de\u011fil, sadece enzim konformasyonel de\u011fi\u015fiklikleri, molek\u00fcler termal hareket nedeniyle enzim ve reaktanlar (veya \u00fcr\u00fcnler) aras\u0131ndaki kovalent olmayan komplekslerin olu\u015fumu ve ayr\u0131\u015fmas\u0131 s\u00fcre\u00e7lerini dikkate al\u0131yoruz. Bu i\u015flemler s\u0131ras\u0131nda molek\u00fcl\u00fcn elektronik durumu de\u011fi\u015fmez (\u00f6rne\u011fin, kovalent ba\u011flar kopmaz veya olu\u015fturulmaz) ve molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131 modeli ge\u00e7erlidir. Molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131, bir molek\u00fcler sistemin potansiyel enerjisinin geometrik konfig\u00fcrasyona (yani, molek\u00fcler sistemi olu\u015fturan t\u00fcm atomlar\u0131n uzamsal koordinatlar\u0131) ba\u011f\u0131ml\u0131l\u0131\u011f\u0131n\u0131 ifade eden ampirik bir matematiksel fonksiyondur (\u015eekil 1A). Ba\u015fka bir deyi\u015fle, e\u011fer X<\/em><\/i> t\u00fcm atomlar\u0131n uzaysal koordinatlar\u0131n\u0131 temsil etmek ve VMM<\/em><\/sup><\/i> (X<\/strong><\/em><\/i> ) molek\u00fcler kuvvet alan\u0131 potansiyel enerjisini temsil etmek i\u00e7in, molek\u00fcl bir konformasyondan di\u011ferine ge\u00e7erken potansiyel enerji de\u011fi\u015fir. X1<\/sub> di\u011ferine X2<\/sub>: \u015eekil. 1<\/strong> Molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131 (A) ve<\/strong> molek\u00fcler di\u0307nami\u0307k si\u0307m\u00fclasyon (B)<\/strong> 1.2<\/p>\n Enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131na uygulama<\/p>\n MD sim\u00fclasyonlar\u0131ndan elde edilen bilgiler, enzim m\u00fchendisli\u011fi modifikasyonlar\u0131n\u0131 y\u00f6nlendirmek i\u00e7in farkl\u0131 \u015fekillerde uygulanabilir [20].<\/sup> \u00d6rne\u011fin, oda s\u0131cakl\u0131\u011f\u0131 ve y\u00fcksek s\u0131cakl\u0131k MD sim\u00fclasyonlar\u0131n\u0131 kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rarak, enzim molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn hangi b\u00f6lgelerinin ortam s\u0131cakl\u0131\u011f\u0131na kar\u015f\u0131 en hassas yap\u0131sal kararl\u0131l\u0131\u011fa sahip olabilece\u011fini tahmin etmek m\u00fcmk\u00fcnd\u00fcr. Bu b\u00f6lgelere prolin nokta mutasyonlar\u0131n\u0131n, dis\u00fclfit ba\u011flar\u0131n\u0131n vb. eklenmesi, enzimin \u0131s\u0131 direncini potansiyel olarak art\u0131rabilir [21-24].<\/sup> Kararl\u0131l\u0131\u011f\u0131 art\u0131rmak i\u00e7in bir ba\u015fka strateji de daha fazla y\u00fczey hidrojeni ve tuz ba\u011f\u0131 olu\u015fturan mutantlar tasarlamakt\u0131r [25-26].<\/sup> Bu t\u00fcr mutantlar\u0131 deneysel olarak do\u011frulamadan \u00f6nce, mutasyonun istenen etkiyi sa\u011flay\u0131p sa\u011flayamayaca\u011f\u0131n\u0131 teorik olarak de\u011ferlendirmek i\u00e7in vah\u015fi tip ve mutantlar paralel olarak sim\u00fcle edilebilir [27-28].<\/sup> MD, s\u0131cakl\u0131\u011fa ek olarak, \u00e7evresel pH, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fcler vb. de\u011fi\u015fikliklerin protein konformasyonu ve stabilitesi \u00fczerindeki etkisini analiz etmek i\u00e7in de kullan\u0131labilir [29-30].<\/sup> 2<\/p>\n Kuantum mekani\u011fi (QM) ve birle\u015fik kuantum mekani\u011fi\/molek\u00fcler mekanik (QM\/MM) modelleri<\/p>\n 2.1<\/p>\n Y\u00f6nteme giri\u015f<\/p>\n Kovalent ba\u011f olu\u015fturma ve k\u0131rma, elektron transferi ve farkl\u0131 elektronik durumlar aras\u0131ndaki s\u0131\u00e7ramalar gibi enzim katalizindeki kimyasal ad\u0131mlar\u0131 sim\u00fcle etmek i\u00e7in kuantum mekaniksel (QM) modeller gereklidir. G\u00fcn\u00fcm\u00fczde, hesaplamal\u0131 kimyada yayg\u0131n olarak kullan\u0131lan QM modelleri ab initio ( ab initio<\/em><\/i> ), yo\u011funluk-fonksiyonel teori (DFT) ve yar\u0131 ampirik y\u00f6ntemler [40].<\/sup> Bunlar aras\u0131nda, yar\u0131 ampirik y\u00f6ntemler hesaplama a\u00e7\u0131s\u0131ndan en az pahal\u0131 olanlard\u0131r. Ancak, bunlar ilk prensiplere dayanmayan y\u00f6ntemlerdir ve hesaplama sonu\u00e7lar\u0131n\u0131n g\u00fcvenilirli\u011fi b\u00fcy\u00fck \u00f6l\u00e7\u00fcde belirli sistem ve probleme ba\u011fl\u0131d\u0131r. Hem ab initio hem de DFT y\u00f6ntemleri ilk-prensip y\u00f6ntemleridir ve evrenseldir. Pratik DFT modelleri ab initio hesaplamalar\u0131ndan daha fazla ampirik teorik yakla\u015f\u0131mlar i\u00e7erebilir, ancak DFT elektron korelasyon enerjilerini \u00e7ok y\u00fcksek hesaplama verimlili\u011fi ile ele alabilir. Buna ek olarak, bir\u00e7ok kimyasal reaksiyon problemi i\u00e7in, reaksiyon s\u00fcreci s\u0131ras\u0131ndaki enerji de\u011fi\u015fiklikleri gibi temel parametreler i\u00e7in en iyi DFT modellerinin hesaplama hatalar\u0131 zaten yakla\u015f\u0131k 1 kcal\/mol kadar k\u00fc\u00e7\u00fckt\u00fcr ve sonu\u00e7lar belirli bir katalitik mekanizman\u0131n veya reaksiyon yolunun kimyasal sa\u011flaml\u0131\u011f\u0131n\u0131 belirlemek i\u00e7in bir temel olarak kullan\u0131lmak i\u00e7in yeterlidir. \u015eekil. 2 <\/strong> Kuantum mekaniksel (QM)\/Molek\u00fcler<\/strong> Mekanik (MM)<\/strong> modeller 2.2<\/p>\n Y\u00f6ntemin uygulanmas\u0131<\/p>\n Her ikisi de<\/sup> QM modeli [10] ve<\/sup> QM\/MM modeli [41]<\/sup> enzim katalizli reaksiyonlar\u0131n kimyasal mekanizmalar\u0131n\u0131n teorik olarak tahmin edilmesi ve test edilmesi i\u00e7in yayg\u0131n olarak kullan\u0131lmaktad\u0131r. Elde edilen sonu\u00e7lar, hangi anahtar kal\u0131nt\u0131lar\u0131n kimyasal reaksiyon s\u00fcrecine kat\u0131ld\u0131\u011f\u0131n\u0131 ay\u0131rt etmemize, reaksiyonun h\u0131z s\u0131n\u0131rlay\u0131c\u0131 ad\u0131m\u0131n\u0131 bulmam\u0131za, reaksiyon ara \u00fcr\u00fcnlerinin ve ge\u00e7i\u015f durumlar\u0131n\u0131n yap\u0131s\u0131n\u0131 modellememize, enzim ortam\u0131yla nas\u0131l etkile\u015fime girdiklerini analiz etmemize vb. yard\u0131mc\u0131 olabilir. QM k\u00fcme modeli ile kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131r\u0131ld\u0131\u011f\u0131nda, QM\/MM modeli, kimyasal reaksiyon merkezlerinin bulundu\u011fu enzim ortam\u0131n\u0131 daha ger\u00e7ek\u00e7i bir \u015fekilde sim\u00fcle edebilir.QM\/MM, enzim katalizinin kimyasal mekanizmas\u0131n\u0131 teorik olarak tahmin etmek \/ test etmek ve \u00e7evresel amino asit kal\u0131nt\u0131lar\u0131n\u0131n katalitik s\u00fcre\u00e7 \u00fczerindeki olas\u0131 etkilerini analiz etmek ve tahmin etmek i\u00e7in yayg\u0131n olarak kullan\u0131lmaktad\u0131r. [46].<\/sup> Prensip olarak, bu sonu\u00e7lar katalitik aktiviteyi artt\u0131rmak ve \u00f6zg\u00fcll\u00fc\u011f\u00fc veya se\u00e7icili\u011fi de\u011fi\u015ftirmek amac\u0131yla y\u00f6nlendirilmi\u015f evrim mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131na rehberlik etmek i\u00e7in kullan\u0131labilir. Daha zorlu bir \u00e7al\u0131\u015fma, QM veya QM\/MM \u00f6ng\u00f6r\u00fclen ge\u00e7i\u015f durumu yap\u0131 modellerinden s\u0131f\u0131rdan yeni aktif merkezlerin tasar\u0131m\u0131na dayanan tamamen yeni yapay enzimler elde etmek olacakt\u0131r [47].<\/sup><\/p>\n 3<\/p>\n Elektrostatik s\u00fcrekli ortam modellemesi<\/p>\n 3.1<\/p>\n Y\u00f6ntemin Prensibi<\/p>\n Enzim katalizi neredeyse her zaman belirli bir \u00e7\u00f6zelti ortam\u0131nda ger\u00e7ekle\u015ftirilir. \u00c7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerinin enzim \u00f6zellikleri \u00fczerinde \u00e7ok \u00f6nemli bir etkisi vard\u0131r. Kimyasal i\u015flemlerin \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini hesaplamak i\u00e7in kullan\u0131lan modeller iki kategoriye ayr\u0131l\u0131r: her bir \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn ve i\u00e7indeki her bir atomun modele a\u00e7\u0131k\u00e7a dahil edildi\u011fi molek\u00fcler mekanik kuvvet alanlar\u0131 veya QM modelleri gibi a\u00e7\u0131k \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc modelleri; ve \u00f6rt\u00fck \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc veya s\u00fcrekli ortam modelleri [48], burada<\/sup> \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fclleri ve atomlar\u0131 modele dahil edilmez ve \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini ele almak i\u00e7in \"\u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc ortalama alanlar\u0131\" kullan\u0131l\u0131r. \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fcllerini ve atomlar\u0131n\u0131 i\u00e7ermeyen, ancak \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini \"\u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc ortalama alan\u0131\" olarak adland\u0131r\u0131lan bir modelle ele al\u0131r. A\u00e7\u0131k \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc modelinin avantaj\u0131, \u00e7\u00f6z\u00fcnen ve \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fcy\u00fc tamamen tutarl\u0131 bir \u015fekilde ele alabilmesi ve \u00e7\u00f6z\u00fcnen-\u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc hidrojen ba\u011f\u0131, tuz ba\u011f\u0131 vb. gibi belirli etkile\u015fimleri ger\u00e7ek\u00e7i bir \u015fekilde modelleyebilmesidir. Dezavantaj\u0131 ise \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fcllerinin say\u0131s\u0131n\u0131n fazla ve hesaplama a\u00e7\u0131s\u0131ndan yo\u011fun olmas\u0131d\u0131r. Ayr\u0131ca, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc stokastik y\u00fckselmesi sistemin toplam enerjisine \u00f6nemli \u00f6l\u00e7\u00fcde katk\u0131da bulunur ve y\u00fckselmenin etkisini ortadan kald\u0131rmak i\u00e7in uzun sim\u00fclasyon \u00f6rnek ortalamas\u0131 yap\u0131lmal\u0131d\u0131r. Gizli \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc modeli, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fcn\u00fcn ortalama etkisini tasvir eder ve \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fcn\u00fcn termodinamik y\u00fckseli\u015f ve d\u00fc\u015f\u00fc\u015f\u00fcn\u00fcn ortalamas\u0131 al\u0131nm\u0131\u015ft\u0131r. \u015eekil. 3 <\/strong> Elektrostatik s\u00fcreklilik modeli (A)<\/strong> ve sonlu fark Poisson-Boltzmann (FDPB) <\/strong> y\u00f6ntem (B)<\/strong> 3.2<\/p>\n Y\u00f6ntemin uygulanmas\u0131<\/p>\n S\u00fcreklilik modelinin \u00f6nemli uygulamalar\u0131ndan biri, enzim molek\u00fcllerindeki y\u00fckl\u00fc amino asit yan zincir gruplar\u0131n\u0131n protonasyon durumunu incelemektir. PROPKA yaz\u0131l\u0131m\u0131, farkl\u0131 protonlama durumlar\u0131 i\u00e7in elektrostatik serbest enerjiyi hesaplamak \u00fczere PB denklemini \u00e7\u00f6zerek her ayr\u0131\u015fabilir grubun pKa de\u011ferini tahmin eder [50].<\/sup> Bir enzim molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn y\u00fczey elektrostatik potansiyel da\u011f\u0131l\u0131m\u0131, enzimin substrat se\u00e7icili\u011fini etkileyen \u00f6nemli bir fakt\u00f6rd\u00fcr. Bir enzim molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn uzaysal yap\u0131s\u0131 ve protonlama durumu g\u00f6z \u00f6n\u00fcne al\u0131nd\u0131\u011f\u0131nda, bir enzim molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn y\u00fczey elektrostatik potansiyel da\u011f\u0131l\u0131m\u0131, amino asit kal\u0131nt\u0131lar\u0131ndaki mutasyonlar\u0131n veya \u00e7evresel pH'daki de\u011fi\u015fikliklerin, iyonik konsantrasyondaki de\u011fi\u015fikliklerin vb. y\u00fczey elektrostatik potansiyeli \u00fczerindeki etkisini de tahmin eden FDPB y\u00f6ntemi ile hesaplanabilir. [14].<\/sup> 4<\/p>\n Di\u011fer y\u00f6ntemler<\/p>\n 4.1<\/p>\n Molek\u00fcler Yerle\u015ftirme<\/p>\n Yerle\u015ftirme, bir monomerin yap\u0131s\u0131na dayal\u0131 olarak bir kompleksin yap\u0131s\u0131n\u0131 (ve afinitesini) tahmin etmeye y\u00f6nelik hesaplama s\u00fcrecini ifade eder. K\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl-protein kenetlenmesi, ila\u00e7lar\u0131n yap\u0131 tabanl\u0131 sanal taramas\u0131 i\u00e7in merkezi bir ara\u00e7t\u0131r ve bunun i\u00e7in \u00e7e\u015fitli algoritmalar geli\u015ftirilmi\u015ftir [13].<\/sup> Bu algoritmalar ve modeller substrat-enzim komplekslerinin kenetlenmesine de uygulanabilir. Sanal ila\u00e7 taramas\u0131, \u00e7ok say\u0131da farkl\u0131 k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl\u00fcn dikkate al\u0131nmas\u0131n\u0131 gerektirir ve hesaplama verimlili\u011fi nedeniyle, resept\u00f6r\u00fcn (veya sadece yan zincirin) yap\u0131sal de\u011fi\u015fiklikleri genellikle molek\u00fcler kenetlenme hesaplamalar\u0131nda dikkate al\u0131nmaz. Sanal taraman\u0131n aksine, substrat-enzim kenetlenme \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131nda genellikle sadece bir veya birka\u00e7 farkl\u0131 substrat dikkate al\u0131n\u0131r ve enzimdeki yap\u0131sal de\u011fi\u015fiklikler prensipte daha tam olarak hesaba kat\u0131labilir. Bunu ba\u015farman\u0131n en kolay yolu, MD gibi konformasyonel \u00f6rnekleme y\u00f6ntemleri ile substrata ayr\u0131 ayr\u0131 yerle\u015ftirilen \u00e7e\u015fitli enzim yap\u0131lar\u0131 elde etmektir. Substrat-enzim kenetlenmesinde, kenetlenme sonu\u00e7lar\u0131n\u0131 taramak\/de\u011ferlendirmek i\u00e7in substrat ve katalitik fonksiyonel gruplar\u0131n g\u00f6receli uzamsal d\u00fczenlemesini kullanmak da genellikle m\u00fcmk\u00fcnd\u00fcr.<\/p>\n 4.2<\/p>\n Geometriye dayal\u0131 k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl g\u00f6zeneklerinin tahmini<\/p>\n \u00c7ok say\u0131da deneysel \u00e7al\u0131\u015fma, aktif merkezden uzaktaki baz\u0131 mutasyonlar\u0131n enzimlerin katalitik performans\u0131 \u00fczerinde b\u00fcy\u00fck bir etkiye sahip olabilece\u011fini ortaya koymu\u015ftur. Bu b\u00f6lgelerden baz\u0131lar\u0131 substrat ba\u011flama\/\u00fcr\u00fcn salma g\u00f6zene\u011fini de\u011fi\u015ftirerek hareket edebilir ve g\u00f6zenek boyutu, g\u00f6zenek etraf\u0131ndaki kal\u0131nt\u0131lar\u0131n fizikokimyasal \u00f6zellikleri vb. substrat\/\u00fcr\u00fcn ge\u00e7i\u015f h\u0131z\u0131n\u0131 de\u011fi\u015ftirebilir ve substrat se\u00e7icili\u011fini etkileyebilir. G\u00f6zenek tahmin y\u00f6ntemleri, ilgili s\u0131cak kal\u0131nt\u0131lar\u0131 bulmak ve y\u00f6nlendirilmi\u015f evrim k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131 i\u00e7in bir temel sa\u011flamak i\u00e7in kullan\u0131labilir. Protein y\u00fczey \u00e7ukurlar\u0131n\u0131, i\u00e7 bo\u015fluklar\u0131, farkl\u0131 b\u00f6lgeleri birbirine ba\u011flayan g\u00f6zenekleri vb. tahmin etmek i\u00e7in \u00e7e\u015fitli geometrik yap\u0131 tabanl\u0131 y\u00f6ntemler mevcuttur. [51-53].<\/sup> Bu y\u00f6ntemler girdi olarak statik mek\u00e2nsal yap\u0131lar kullanmakta ve y\u00fcksek hesaplama verimlili\u011fi ile tahmini ger\u00e7ekle\u015ftirmek i\u00e7in \u00e7o\u011funlukla geometrik ve grafik teorik y\u00f6ntemler kullanmaktad\u0131r.<\/p>\n 4.3<\/p>\n Aktif Merkez Kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rma Y\u00f6ntemleri<\/p>\n \u015eu anda, Protein 3D Yap\u0131 Veritaban\u0131nda (PDB) farkl\u0131 yap\u0131 t\u00fcrlerine ve ailelerine sahip enzimlerin b\u00fcy\u00fck miktarda 3D yap\u0131 verisi birikmi\u015ftir. Farkl\u0131 enzimleri kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131r\u0131rsak, genel yap\u0131sal dizilimleri benzer olmasa da baz\u0131lar\u0131n\u0131n aktif merkezlerinde y\u00fcksek derecede benzerlik oldu\u011funu g\u00f6r\u00fcr\u00fcz (tipik \u00f6rnekler, serin proteazlar taraf\u0131ndan payla\u015f\u0131lan katalitik triad aktif merkezleridir). Aktif merkez yap\u0131s\u0131 kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rma y\u00f6ntemi [54-55] olabilir<\/sup> mevcut enzimin aktif merkezine benzeyen di\u011fer enzimlerin aktif merkezlerini otomatik olarak almak i\u00e7in kullan\u0131labilir. Birden fazla benzer aktif merkezin \u00fc\u00e7 boyutlu uzayda bir araya getirilmesi ve farkl\u0131 aktif merkezler aras\u0131ndaki benzerlik ve farkl\u0131l\u0131klar\u0131n analiz edilmesi, mutasyon b\u00f6lgesi se\u00e7imi i\u00e7in de\u011ferli bilgiler sa\u011flayabilir.<\/p>\n 5<\/p>\n \u00d6zet<\/p>\n Sunumun netli\u011fi a\u00e7\u0131s\u0131ndan, yukar\u0131daki y\u00f6ntemlere ili\u015fkin tan\u0131t\u0131m\u0131m\u0131z kategorize edilmi\u015ftir. Uygulamada, farkl\u0131 y\u00f6ntem t\u00fcrleri birbirini d\u0131\u015flamaz. \u0130lgilendi\u011fimiz sorular\u0131 daha iyi yan\u0131tlamak i\u00e7in bir\u00e7ok \u015fekilde birlikte kullan\u0131labilirler. \u00d6rne\u011fin, enzim-substrat kompleksi sim\u00fclasyonlar\u0131nda, sim\u00fclasyonun ba\u015flang\u0131\u00e7 konformasyonunu elde etmek i\u00e7in molek\u00fcler yerle\u015ftirme kullan\u0131labilir; MD sim\u00fclasyonlar\u0131ndan elde edilen konformasyon seti, g\u00f6zenek tahmin analizi, molek\u00fcler yerle\u015ftirme, QM\/MM sim\u00fclasyonlar\u0131 vb. i\u00e7in kullan\u0131labilir.QM veya QM\/MM modellerinden elde edilen ge\u00e7i\u015f durumlar\u0131n\u0131 i\u00e7eren MM modelleri olu\u015fturulabilir ve konformasyonel y\u00fckselme ve d\u00fc\u015fmenin kimyasal s\u00fcre\u00e7ler \u00fczerindeki etkilerini analiz etmek i\u00e7in uzun s\u00fcreli klasik MD sim\u00fclasyonlar\u0131 i\u00e7in veya MD sim\u00fclasyonlar\u0131na dayal\u0131 mutantlar\u0131n sanal taramas\u0131n\u0131 ger\u00e7ekle\u015ftirmek i\u00e7in \u00e7ok say\u0131da mutant\u0131n sim\u00fclasyonu i\u00e7in kullan\u0131labilir; daha \u00f6nce bahsetti\u011fimiz MM\/PBSA yakla\u015f\u0131m\u0131, MD ve s\u00fcrekli ortam modellemesinin bir kombinasyonudur, vb. End\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131nda hesaplamal\u0131 kimya yakla\u015f\u0131m\u0131 nedir? Bu makale, molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131 ve molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonlar\u0131, kuantum mekani\u011fi ve birle\u015fik kuantum mekani\u011fi\/molek\u00fcler mekanik modelleme, s\u00fcrekli elektrostatik modelleme ve molek\u00fcler kenetlenme dahil olmak \u00fczere, \u00f6zellikle enzim m\u00fchendisli\u011fine rehberlik etmek i\u00e7in end\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131nda kullan\u0131lan ana hesaplamal\u0131 kimya y\u00f6ntemlerini tan\u0131tmaktad\u0131r. Bu y\u00f6ntemler [...]'de \u00f6zetlenmi\u015ftir.<\/p>","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[108],"tags":[],"class_list":["post-7255","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-enzyme-news"],"yoast_head":"\n
\nProteinlerin, \u00f6zellikle de enzimlerin incelenmesi, uzun zamand\u0131r hesaplamal\u0131 kimya ara\u015ft\u0131rmalar\u0131n\u0131n \u00f6nemli bir s\u0131n\u0131r\u0131 olmu\u015ftur [6-8].<\/sup> Ana y\u00f6ntemler aras\u0131nda klasik molek\u00fcler mekanik kuvvet alanlar\u0131na dayal\u0131 molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonlar\u0131 (klasik MD) yer almaktad\u0131r [9],<\/sup> kuantum mekani\u011fi (QM) [10] ve<\/sup> birle\u015fik kuantum mekani\u011fi\/molek\u00fcler mekanik (QM\/MM) y\u00f6ntemleri [8,11-12],<\/sup> molek\u00fcller aras\u0131 kompleks tahmini, yani molek\u00fcler yerle\u015ftirme (Docking) [13], ve<\/sup> elektrostatik ve \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini \u00f6l\u00e7mek i\u00e7in polarize edilebilir s\u00fcreklilik modeli (PCM) [ 14].<\/sup> ) Poisson-Boltzmann modeli (PB) gibi [14],<\/sup> ve geometrik \u00f6zelliklere dayal\u0131 baz\u0131 modeller. Bu makalede, bu y\u00f6ntemlerin her birine iki a\u00e7\u0131dan genel bir bak\u0131\u015f sunaca\u011f\u0131z: birincisi, temel ilkeler, orijinal hesaplama sonu\u00e7lar\u0131, uygulanabilirlik ko\u015fullar\u0131 ve (potansiyel) avantaj ve dezavantajlar vb. dahil olmak \u00fczere y\u00f6ntemlerin kendileri hakk\u0131nda\u0130kincisi, bu y\u00f6ntemlerin katalitik olarak ilgili mekanizmalar\u0131n daha iyi anla\u015f\u0131lmas\u0131, y\u00f6nlendirilmi\u015f evrim i\u00e7in y\u00fcksek kaliteli mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131na veya y\u00fcksek kaliteli mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131na veya mutasyon bankalar\u0131n\u0131n tasar\u0131m\u0131na rehberlik edebilecek vah\u015fi tipe g\u00f6re farkl\u0131 mutantlar\u0131n \u00f6zelliklerindeki veya i\u015flevlerindeki de\u011fi\u015fikliklerin teorik tahminleri veya a\u00e7\u0131klamalar\u0131 gibi m\u00fchendislikle ilgili bilgileri elde etmek i\u00e7in nas\u0131l kullan\u0131laca\u011f\u0131 hakk\u0131nda. y\u00fcksek kaliteli mutasyon k\u00fct\u00fcphanelerinin tasar\u0131m\u0131 veya ham hesaplama sonu\u00e7lar\u0131n\u0131n analizine dayal\u0131 olarak belirli mutasyon b\u00f6lgelerinin ve mutasyon t\u00fcrlerinin \u00f6nerilmesi vb.<\/p>\n
\n\u2206VMM<\/em><\/sup><\/i> = VMM<\/em><\/sup><\/i> ( X2<\/sub> ) – VMM<\/em><\/sup><\/i> ( X1<\/sub> ).
\nTermodinamik teoriye g\u00f6re, bir molek\u00fcldeki atomlar her zaman termal hareket halindedir, yani, X<\/em><\/i> zamanla s\u00fcrekli de\u011fi\u015fir; dahas\u0131, deneysel g\u00f6zlemler yapt\u0131\u011f\u0131m\u0131zda, \u00f6rnek her zaman farkl\u0131 konformasyonel durumlardaki farkl\u0131 molek\u00fcllerle birlikte \u00e7ok say\u0131da molek\u00fclden olu\u015fur (tek molek\u00fcll\u00fc deneyler hari\u00e7). Bu nedenle, kinetik bir bak\u0131\u015f a\u00e7\u0131s\u0131yla, zaman i\u00e7indeki konformasyonel de\u011fi\u015fiklikleri ve termodinamik bir bak\u0131\u015f a\u00e7\u0131s\u0131yla, farkl\u0131 konformasyonlara sahip molek\u00fcllerin olas\u0131l\u0131k da\u011f\u0131l\u0131m\u0131n\u0131 dikkate almam\u0131z gerekir. Molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonu (MD), \u00f6zelliklerin bu iki y\u00f6n\u00fcn\u00fc incelemek i\u00e7in en basit modeldir (\u015eekil 1B). MD sim\u00fclasyonunda, bir ba\u015flang\u0131\u00e7 konformasyonundan ba\u015flar\u0131z, mevcut konformasyona ve potansiyel enerji fonksiyonuna (kuvvet, potansiyel enerji fonksiyonunun atomlar\u0131n koordinatlar\u0131na g\u00f6re negatif t\u00fcrevidir) dayal\u0131 olarak her bir zaman noktas\u0131nda her bir atoma etki eden kuvveti hesaplar\u0131z, bir sonraki zaman noktas\u0131ndaki konformasyonu elde etmek i\u00e7in Newton'un hareket denklemlerini say\u0131sal olarak entegre ederiz ve zaman i\u00e7indeki konformasyon evriminin y\u00f6r\u00fcngesini elde etmek i\u00e7in i\u015flemi tekrarlar\u0131z.
\nBu arada, \u00e7evresel fakt\u00f6rlerin (\u00f6rn. s\u0131cakl\u0131k, bas\u0131n\u00e7, vb.) molek\u00fcler hareket \u00fczerindeki etkisini sim\u00fcle etmek i\u00e7in \u00f6zel algoritmalar kullan\u0131labilir. Termodinamik prensibe g\u00f6re, zaman aral\u0131\u011f\u0131 yeterince uzun oldu\u011funda, ayn\u0131 molek\u00fcl\u00fcn farkl\u0131 zaman noktalar\u0131ndaki konformasyonunun olas\u0131l\u0131k da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 ve termodinamik denge durumundaki farkl\u0131 molek\u00fcllerin konformasyonu ayn\u0131d\u0131r (yani, zaman ortalamas\u0131 sistem ortalamas\u0131na e\u015fde\u011ferdir). Bu nedenle, MD sim\u00fclasyonu yeterince uzun bir s\u00fcre boyunca ger\u00e7ekle\u015ftirilirse, sim\u00fclasyondan elde edilen konformasyonlar k\u00fcmesi, belirli bir termodinamik denge durumundaki molek\u00fcler konformasyonlar\u0131n da\u011f\u0131l\u0131m\u0131n\u0131n bir \u00f6rne\u011fi olarak kullan\u0131labilir. Bu prensibe dayanarak, MD ile elde edilen zaman y\u00f6r\u00fcngelerine dayanarak termodinamik denge durumundaki bir sistemin keyfi g\u00f6zlemlenebilir \u00f6zelliklerini analiz edebiliriz.
\nMD, konformasyonel de\u011fi\u015fikliklerin kinetik de\u011fi\u015fim s\u00fcrecini ve \u00f6nemli mikroskobik kuantum termodinamik da\u011f\u0131l\u0131mlar\u0131n\u0131 atomik \u00e7\u00f6z\u00fcn\u00fcrl\u00fckte kapsaml\u0131 bir \u015fekilde analiz etmek i\u00e7in g\u00fc\u00e7l\u00fc bir hesaplama arac\u0131 sa\u011flar; bu, \u00f6zellikle enzimler gibi karma\u015f\u0131k biyomakromolek\u00fcler makinelerin tasar\u0131m ilkelerini ve \u00e7al\u0131\u015fma mekanizmalar\u0131n\u0131 ayd\u0131nlatmak i\u00e7in \u00f6nemlidir. Makromolek\u00fcler yap\u0131 analizi i\u00e7in mevcut deneysel y\u00f6ntemler yaln\u0131zca uzaysal-zamansal olarak ortalamas\u0131 al\u0131nm\u0131\u015f statik yap\u0131lar sa\u011flayabildi\u011finden, MD sim\u00fclasyonlar\u0131 ilgili ara\u015ft\u0131rmalarda yeri doldurulamaz bir i\u015fleve sahiptir. Bu \u00f6nc\u00fcl alt\u0131nda, MD arac\u0131n\u0131n kendisi hala s\u00fcrekli iyile\u015ftirme ve geli\u015ftirme s\u00fcrecindedir. Metodolojik olarak, MD'nin ana s\u0131n\u0131rlamalar\u0131 iki a\u00e7\u0131dan gelir: birincisi, molek\u00fcler kuvvet alan\u0131 modelinin do\u011frulu\u011fu; ve ikincisi, s\u0131n\u0131rl\u0131 sim\u00fclasyon s\u00fcresi, konformasyonel uzay\u0131n tam \u00f6rneklemesini ger\u00e7ekle\u015ftirmeyi zorla\u015ft\u0131r\u0131r. \u0130lk sorun i\u00e7in, molek\u00fcler kuvvet alan\u0131 son y\u0131llarda b\u00fcy\u00fck \u00f6l\u00e7\u00fcde geli\u015ftirilmi\u015f ve biyolojik makromolek\u00fcllerin, \u00f6zellikle protein sistemlerinin konformasyonel dengesinin termodinamik tan\u0131m\u0131n\u0131n do\u011frulu\u011fu art\u0131r\u0131lm\u0131\u015f, kafa katlama s\u00fcrecinden do\u011fal yap\u0131ya kadar \u00e7e\u015fitli protein molek\u00fcllerini ba\u015far\u0131yla sim\u00fcle etmi\u015ftir. [15-16].<\/sup> Sim\u00fclasyon s\u00fcresi a\u00e7\u0131s\u0131ndan, bilgisayar donan\u0131m\u0131 ve yaz\u0131l\u0131m\u0131n\u0131n geli\u015fmesi sayesinde, geleneksel bilgisayar donan\u0131m\u0131 (\u00f6rne\u011fin, grup taraf\u0131ndan kullan\u0131lan \u00e7ok \u00e7ekirdekli sunucular) kullan\u0131larak normal b\u00fcy\u00fckl\u00fckteki sistemler (\u00f6rne\u011fin, sulu \u00e7\u00f6zeltideki y\u00fczlerce kal\u0131nt\u0131dan olu\u015fan enzim molek\u00fclleri) i\u00e7in mikrosaniye mertebesinde sim\u00fclasyonlar ger\u00e7ekle\u015ftirmek art\u0131k m\u00fcmk\u00fcnd\u00fcr. Bu zaman \u00f6l\u00e7e\u011finde, yap\u0131sal alanlar\u0131n veya halka b\u00f6lgelerinin a\u00e7\u0131lmas\u0131 ve kapanmas\u0131 gibi s\u00fcre\u00e7ler g\u00f6zlemlenebilir. Daha fazla hesaplama kayna\u011f\u0131 mevcutsa, substrat ba\u011flanmas\u0131\/ayr\u0131lmas\u0131 gibi s\u00fcre\u00e7lerin do\u011frudan sim\u00fclasyonlar\u0131 da ger\u00e7ekle\u015ftirilebilir. Sim\u00fclasyonun eri\u015femeyece\u011fi zaman \u00f6l\u00e7eklerindeki s\u00fcre\u00e7leri incelemek i\u00e7in (\u00f6rne\u011fin, allosterik proteinlerin b\u00fcy\u00fck \u00f6l\u00e7ekli fonksiyonel de\u011fi\u015fiklikleri, vb), geli\u015fmi\u015f \u00f6rnekleme y\u00f6ntemleri kullan\u0131labilir [17],<\/sup> Kullan\u0131c\u0131n\u0131n MD teorisi hakk\u0131nda daha derinlemesine bilgi sahibi olmas\u0131 \u015fart\u0131yla.
\n\u015eu anda, \u00e7o\u011fu MD sim\u00fclasyon uygulamas\u0131 nanosaniyeden mikrosaniyeye kadar olan zaman \u00f6l\u00e7eklerini kapsamaktad\u0131r ve konformasyonel uzay\u0131n \u00f6rneklenmesi \u00e7o\u011funlukla ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131s\u0131n\u0131n \u00e7evresiyle s\u0131n\u0131rl\u0131d\u0131r (tek alanl\u0131 proteinler i\u00e7in, genellikle 3-4 \u00c5 aral\u0131\u011f\u0131nda k\u00f6k-ortalama-kare (RMS) yer de\u011fi\u015ftirmesinin yap\u0131sal y\u00fckseli\u015fi ve d\u00fc\u015f\u00fc\u015f\u00fcd\u00fcr). Bu nedenle, sim\u00fclasyon sonu\u00e7lar\u0131n\u0131n anlaml\u0131 olabilmesi i\u00e7in MD'ye girdi olarak makul bir ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131s\u0131n\u0131n kullan\u0131lmas\u0131 gerekir. \u00c7o\u011fu durumda, deneysel olarak belirlenen kristal yap\u0131lar veya homolog proteinlerin kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rmal\u0131 modellemesine dayanan yap\u0131lar MD i\u00e7in ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131lar\u0131 olarak kullan\u0131l\u0131r. Enzim-substrat komplekslerini sim\u00fcle ederken, genellikle bo\u015f enzimin veya di\u011fer molek\u00fcllerle kompleks halindeki enzimin yap\u0131s\u0131na dayanan kompleksin ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131s\u0131n\u0131, molek\u00fcler yerle\u015ftirme kullanarak veya kristal yap\u0131daki di\u011fer k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fclleri (\u00f6rn. inhibit\u00f6rler) do\u011frudan substratla de\u011fi\u015ftirerek modellemek gerekir. MD sim\u00fclasyonlar\u0131 ayr\u0131ca sistemdeki t\u00fcm kimyasal birimleri tasvir eden bir molek\u00fcler kuvvet alan\u0131n\u0131n olu\u015fturulmas\u0131n\u0131 gerektirir. Sim\u00fcle edilecek sistem substrat olarak k\u00fc\u00e7\u00fck bir molek\u00fcl i\u00e7erdi\u011finde, MD yaz\u0131l\u0131m paketinde sa\u011flanan standart molek\u00fcler kuvvet alan\u0131n\u0131n substrat olarak k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl\u00fc kapsamamas\u0131 s\u0131kl\u0131kla kar\u015f\u0131la\u015f\u0131lan bir durumdur. Bu durumda, k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcller i\u00e7in otomatik olarak kuvvet alanlar\u0131 olu\u015fturabilen ara\u00e7 yaz\u0131l\u0131mlar\u0131 kullan\u0131labilir [18-19].<\/sup> Kuvvet alan\u0131 dosyalar\u0131 manuel olarak kontrol edilmeli ve uzun MD sim\u00fclasyonlar\u0131 i\u00e7in otomatik olarak olu\u015fturulan kuvvet alanlar\u0131 kullan\u0131lmadan \u00f6nce k\u0131sa sim\u00fclasyon denemeleri i\u00e7in kullan\u0131lmal\u0131d\u0131r.<\/p>\n
\n\u015eekil 1 Molek\u00fcler mekanik kuvvet alan\u0131 (A) ve molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonu (B)<\/p>\n
\nStabiliteye ek olarak MD, substrat ba\u011flanmas\u0131\/\u00fcr\u00fcn sal\u0131n\u0131m\u0131 ile ili\u015fkili konformasyonel dinamikleri \u00f6nemli \u00f6l\u00e7\u00fcde etkileme potansiyeline sahip s\u0131cak nokta kal\u0131nt\u0131lar\u0131n\u0131 tahmin etmek i\u00e7in uygulanm\u0131\u015f ve substrat se\u00e7icili\u011fini, reaksiyon se\u00e7icili\u011fini, \u00fcr\u00fcn sal\u0131n\u0131m h\u0131z\u0131n\u0131 vb. de\u011fi\u015ftirebilecek mutasyonlar\u0131n veya mutant k\u00fct\u00fcphanelerinin tasarlanmas\u0131 i\u00e7in bir temel sa\u011flam\u0131\u015ft\u0131r. [31-32].<\/sup> MD ile substrat\/reaksiyon se\u00e7icili\u011fini incelemenin yollar\u0131ndan biri, farkl\u0131 (ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131lar\u0131na) sahip enzim-substrat komplekslerinin sim\u00fclasyon sonu\u00e7lar\u0131n\u0131 kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131rmak ve daha y\u00fcksek afiniteye (veya daha y\u00fcksek reaktiviteye) sahip substrat veya yap\u0131sal durumlar\u0131 tahmin etmektir. Afiniteyi (veya reaktiviteyi) hesaplamak i\u00e7in titiz bir nicel y\u00f6ntem serbest enerji hesaplamalar\u0131d\u0131r [33-34].<\/sup> Serbest enerji hesaplamalar\u0131n\u0131n hesaplama a\u00e7\u0131s\u0131ndan yo\u011fun do\u011fas\u0131 nedeniyle, mevcut uygulamalar\u0131n \u00e7o\u011fu tahmin i\u00e7in nitel y\u00f6ntemler kullanmaktad\u0131r: g\u00f6receli yak\u0131nl\u0131\u011f\u0131n nitel ayr\u0131m\u0131, k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl-makromolek\u00fcl komplekslerinin yap\u0131s\u0131n\u0131n kararl\u0131l\u0131\u011f\u0131na, ortalama molek\u00fcller aras\u0131 etkile\u015fim enerjisine vb. dayanabilirken, reaktivitenin nitel ayr\u0131m\u0131 katalitik ve reaktif fonksiyonel gruplar\u0131n g\u00f6receli geometrik konfig\u00fcrasyon da\u011f\u0131l\u0131mlar\u0131na vb. dayanmaktad\u0131r. [35].<\/sup> Bu t\u00fcr nitel ayr\u0131mc\u0131l\u0131\u011f\u0131n sonu\u00e7lar\u0131, y\u00f6nlendirilmi\u015f evrimsel dizilerin k\u00fct\u00fcphanelerini tasarlamak i\u00e7in bir temel olarak kullan\u0131labilir. Buna ek olarak, MD sim\u00fclasyonlar\u0131 substrat ba\u011flanma\/\u00fcr\u00fcn ayr\u0131\u015fma g\u00f6zene\u011fi etraf\u0131ndaki s\u0131cak nokta kal\u0131nt\u0131lar\u0131n\u0131 analiz etmek i\u00e7in de kullan\u0131labilir [36-37].<\/sup> Bu t\u00fcr bir uygulama, k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcllerin proteinlerden ayr\u0131\u015fmas\u0131 i\u00e7in ayr\u0131\u015fma yollar\u0131n\u0131n sim\u00fclasyonunu i\u00e7erir ve yetersiz sim\u00fclasyon zaman \u00f6l\u00e7ekleriyle ilgili zorluklar varsa, bunlar geli\u015fmi\u015f \u00f6rnekleme teknikleri kullan\u0131larak a\u015f\u0131labilir [38-39].<\/sup><\/p>\n
\nBir molek\u00fcl\u00fcn geometrik konfig\u00fcrasyonu verildi\u011finde, enerjisi QM kullan\u0131larak hesaplanabilir. Bu, tek nokta hesaplamas\u0131 olarak bilinir (yani, geometrik konfig\u00fcrasyon uzay\u0131nda yaln\u0131zca bir noktayla ilgilenir.) QM modeli daha \u00e7ok molek\u00fcler geometrilerin optimizasyonu i\u00e7in, yani bir ba\u015flang\u0131\u00e7 konfig\u00fcrasyonundan ard\u0131\u015f\u0131k de\u011fi\u015fikliklerden sonra yerel olarak kararl\u0131 bir yap\u0131 (kom\u015fu yap\u0131lardan daha d\u00fc\u015f\u00fck enerjili) bulmak veya reaktanlar\u0131 \u00fcr\u00fcnlere ba\u011flayan en d\u00fc\u015f\u00fck enerjili yollar\u0131 ve yollar boyunca ge\u00e7i\u015f durumlar\u0131n\u0131 bulmak i\u00e7in kullan\u0131l\u0131r. Bu hesaplamalar, farkl\u0131 geometrik konfig\u00fcrasyonlar\u0131n dikkate al\u0131nmas\u0131 ve kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131r\u0131lmas\u0131 gerekti\u011finden ve tipik olarak onlarca ila binlerce tek nokta hesaplamas\u0131n\u0131n yap\u0131lmas\u0131 gerekti\u011finden hesaplama a\u00e7\u0131s\u0131ndan yo\u011fundur. Hesaplama \u00e7abas\u0131ndan tasarruf etmek i\u00e7in yayg\u0131n bir strateji, \u00f6nce s\u0131n\u0131rl\u0131 do\u011frulu\u011fa sahip verimli QM modelleri kullanarak \u00e7ok \u00e7e\u015fitli reaksiyon yolu aramalar\u0131n\u0131 optimize etmek ve ard\u0131ndan aranan en d\u00fc\u015f\u00fck enerji konfig\u00fcrasyonuna \/ yoluna yak\u0131n daha y\u00fcksek do\u011fruluklu modeller kullanarak konfig\u00fcrasyon optimizasyonunu tamamlamak veya tek nokta hesaplamalar\u0131 yapmakt\u0131r.
\n\u015eu anda, birinci prensip QM y\u00f6ntemlerinin t\u00fcm enzim molek\u00fcl\u00fcne uygulanmas\u0131 hesaplama a\u00e7\u0131s\u0131ndan yo\u011fundur, temel olarak tek nokta hesaplamalar\u0131yla s\u0131n\u0131rl\u0131d\u0131r ve hala pratiklikten yoksundur. QM\/MM modeli (\u015eekil 2) b\u00fcy\u00fck molek\u00fcller i\u00e7in yayg\u0131n olarak kullan\u0131lmaktad\u0131r [11].<\/sup> Bu modelde, molek\u00fcler sistem en az iki k\u0131sma ayr\u0131l\u0131r: kimyasal reaksiyona do\u011frudan dahil olan k\u0131s\u0131m QM modeli ile ele al\u0131n\u0131r ve geri kalan\u0131 molek\u00fcler mekanik (MM) ile ele al\u0131n\u0131r. QM-MM s\u0131n\u0131rlar\u0131n\u0131 ve etkile\u015fimlerini ele almak i\u00e7in birka\u00e7 farkl\u0131 strateji vard\u0131r [41].<\/sup> \u0130lk prensip QM\/MM modellerinde, QM hesaplamalar\u0131 MM'den \u00e7ok daha maliyetlidir. bu nedenle, QM b\u00f6lgesinin geometrisini tahmin etmek veya sim\u00fcle etmek i\u00e7in \u00e7o\u011funlukla konformasyonel optimizasyon y\u00f6ntemleri kullan\u0131l\u0131r ve MM k\u0131sm\u0131n\u0131 \u00f6rneklemek i\u00e7in molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonlar\u0131 kullan\u0131labilir [42].<\/sup> Bu, hesaplama sonu\u00e7lar\u0131n\u0131n sistemin QM b\u00f6lgesinin ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131s\u0131na daha duyarl\u0131 olabilece\u011fi anlam\u0131na gelir. Bu durumda, g\u00fcvenilir sonu\u00e7lar elde etmek i\u00e7in farkl\u0131 ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131 modelleriyle hesaplamalar yap\u0131lmas\u0131 gerekir. E\u011fer yar\u0131 ampirik y\u00f6ntemler [43] veya<\/sup> ampi\u0307ri\u0307k valans ba\u011fi teori\u0307leri\u0307 [44-45]<\/sup> QM k\u0131sm\u0131 i\u00e7in kullan\u0131l\u0131r ,<\/sup> daha uzun QM\/MM MD \u00f6rneklemesi ile konformasyonel uzay\u0131 daha tam olarak ke\u015ffetmek ve ba\u015flang\u0131\u00e7 yap\u0131s\u0131n\u0131n etkisini azaltmak m\u00fcmk\u00fcn olabilir.<\/p>\n
\n\u015eekil 2 Kuantum mekanik (QM)\/molek\u00fcler mekanik (MM) modeli.<\/p>\n
\n\u0130\u015flemin basitli\u011fi i\u00e7in, genellikle polar olmayan \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkisini (hidrofobik etki) gizli \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc modelindeki polar \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkisinden ay\u0131r\u0131r\u0131z. Deneyimler, polar olmayan bir \u00e7\u00f6z\u00fcnenin serbest \u00e7\u00f6z\u00fcnme enerjisinin \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fcn\u00fcn eri\u015filebilir y\u00fczey alan\u0131 (SASA) ile orant\u0131l\u0131 oldu\u011funu g\u00f6stermi\u015ftir. Bu nedenle, bu bile\u015fen i\u00e7in genellikle SASA solvasyon modeli kullan\u0131l\u0131r. Bu modeldeki parametreler, SASA'y\u0131 hesaplamak i\u00e7in gereken atomik yar\u0131\u00e7aplar\u0131, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn yar\u0131\u00e7ap\u0131n\u0131 (su molek\u00fclleri i\u00e7in 1,4 \u00c5) ve SASA ile orant\u0131l\u0131 solvasyon serbest enerjisi i\u00e7in bir orant\u0131 sabitini i\u00e7erir. Bu parametreler genellikle k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcllerin \u00e7\u00f6z\u00fcnme serbest enerjisinin deneysel de\u011ferlerine uydurularak belirlenir.
\nPolar \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini dikkate almak i\u00e7in en yayg\u0131n kullan\u0131lan modeller, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc taraf\u0131ndan i\u015fgal edilen b\u00f6lgeyi belirli bir dielektrik sabitine (su i\u00e7in 78,4) sahip s\u00fcrekli bir ortam olarak ve \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lgeyi d\u00fc\u015f\u00fck dielektrik sabitine (genellikle 2-8 de\u011ferinde) veya vakuma (dielektrik sabiti 1) sahip bir ortam taraf\u0131ndan i\u015fgal edilmi\u015f olarak ele al\u0131r (\u015eekil 3A). S\u00fcrekli ortam, \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lgedeki y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrostatik alan taraf\u0131ndan polarize edilir ve ortaya \u00e7\u0131kan polarize y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 da \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lgede \u00e7\u00f6z\u00fcnen y\u00fcke etki eden bir elektrostatik alan olu\u015fturur. Polarize y\u00fckler taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrik alan\u0131na reaksiyon alan\u0131 denir. Bu nedenle, elektrostatik s\u00fcrekli ortam modeli reaksiyon alan\u0131 modeli olarak da bilinir. \u00c7\u00f6z\u00fcc\u00fc b\u00f6lgesinde serbest iyon bulunmayan s\u00fcrekli ortam modelinde, uzay elektrostatik potansiyeli ile uzay y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fki Poisson denklemini kar\u015f\u0131lar. Serbest iyonlar i\u00e7eren bir \u00e7\u00f6zelti ortam\u0131 i\u00e7in, iyonlar\u0131n uzaysal da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 uzaysal elektrostatik potansiyelden etkilenir. Bu fakt\u00f6r g\u00f6z \u00f6n\u00fcne al\u0131nd\u0131\u011f\u0131nda, uzaysal elektrostatik potansiyel ile uzaysal y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fki Poisson-Boltzmann denklemini (PB denklemi) kar\u015f\u0131lar.PB denklemi, elektrostatik potansiyel da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 ile \u00fc\u00e7 boyutlu uzayda y\u00fck ve dielektrik da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fkiye ili\u015fkin k\u0131smi diferansiyel bir denklemdir ve say\u0131sal olarak \u00e7\u00f6z\u00fclebilir. Enzimler gibi makromolek\u00fcler sistemler i\u00e7in PB denklemini \u00e7\u00f6zmek i\u00e7in en yayg\u0131n say\u0131sal y\u00f6ntem, toplu olarak FDPB modeli olarak adland\u0131r\u0131lan sonlu fark y\u00f6ntemidir (FD) (\u015eekil 3B) [14].<\/sup> FDPB ile \u00e7\u00f6z\u00fcnen maddenin uzay y\u00fck\u00fc da\u011f\u0131l\u0131m\u0131na dayal\u0131 olarak elektrostatik potansiyeli \u00fc\u00e7 boyutlu olarak hesaplamak m\u00fcmk\u00fcnd\u00fcr ve bu da elektrostatik serbest enerji gibi di\u011fer \u00f6zelliklerin hesaplanmas\u0131na olanak sa\u011flar. K\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl sistemleri i\u00e7in QM hesaplamalar\u0131nda, reaksiyon alan\u0131 genellikle molek\u00fcler y\u00fczeydeki y\u00fczey y\u00fck\u00fc da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrik alan\u0131 ile e\u015fde\u011fer olarak de\u011fi\u015ftirilir ve ilgili modele polarize edilebilir s\u00fcrekli ortam (PCM) modeli denir.
\nPolar \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkilerini hesaba katmak i\u00e7in en yayg\u0131n kullan\u0131lan model, \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc taraf\u0131ndan i\u015fgal edilen b\u00f6lgeyi belirli bir dielektrik sabitine (su i\u00e7in 78,4) sahip s\u00fcrekli bir ortam olarak ele al\u0131rken, \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lge d\u00fc\u015f\u00fck dielektrik sabitine (genellikle 2-8 de\u011ferinde) veya vakuma (dielektrik sabiti 1) sahip bir ortam taraf\u0131ndan i\u015fgal edilmi\u015f gibi ele al\u0131n\u0131r (\u015eekil 3A). S\u00fcrekli ortam, \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lgedeki y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrostatik alan taraf\u0131ndan polarize edilir ve ortaya \u00e7\u0131kan polarize y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 da \u00e7\u00f6z\u00fcnen b\u00f6lgede \u00e7\u00f6z\u00fcnen y\u00fcke etki eden bir elektrostatik alan olu\u015fturur. Polarize y\u00fckler taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrik alan\u0131na reaksiyon alan\u0131 denir. Bu nedenle, elektrostatik s\u00fcrekli ortam modeli reaksiyon alan\u0131 modeli olarak da bilinir. \u00c7\u00f6z\u00fcc\u00fc b\u00f6lgesinde serbest iyon bulunmayan s\u00fcrekli ortam modelinde, uzay elektrostatik potansiyeli ile uzay y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fki Poisson denklemini kar\u015f\u0131lar. Serbest iyonlar i\u00e7eren bir \u00e7\u00f6zelti ortam\u0131 i\u00e7in, iyonlar\u0131n uzaysal da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 uzaysal elektrostatik potansiyelden etkilenir. Bu fakt\u00f6r g\u00f6z \u00f6n\u00fcne al\u0131nd\u0131\u011f\u0131nda, uzaysal elektrostatik potansiyel ile uzaysal y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fki Poisson-Boltzmann denklemini (PB denklemi) kar\u015f\u0131lar.PB denklemi, elektrostatik potansiyel da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 ile \u00fc\u00e7 boyutlu uzayda y\u00fck ve dielektrik da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 aras\u0131ndaki ili\u015fkiye ili\u015fkin k\u0131smi diferansiyel bir denklemdir ve say\u0131sal olarak \u00e7\u00f6z\u00fclebilir. Enzimler gibi makromolek\u00fcler sistemler i\u00e7in PB denklemini \u00e7\u00f6zmek i\u00e7in en yayg\u0131n say\u0131sal y\u00f6ntem, toplu olarak FDPB modeli olarak adland\u0131r\u0131lan sonlu fark y\u00f6ntemidir (FD) (\u015eekil 3B) [14].<\/sup> FDPB ile \u00e7\u00f6z\u00fcnen maddenin uzay y\u00fck\u00fc da\u011f\u0131l\u0131m\u0131na dayal\u0131 olarak elektrostatik potansiyeli \u00fc\u00e7 boyutlu olarak hesaplamak m\u00fcmk\u00fcnd\u00fcr ve bu da elektrostatik serbest enerji gibi di\u011fer \u00f6zelliklerin hesaplanmas\u0131na olanak sa\u011flar. K\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcler sistemlerin QM hesaplamalar\u0131nda, reaksiyon alan\u0131 genellikle molek\u00fcl\u00fcn y\u00fczeyindeki y\u00fczey y\u00fck\u00fc da\u011f\u0131l\u0131m\u0131 taraf\u0131ndan \u00fcretilen elektrik alan\u0131 ile e\u015fde\u011fer olarak de\u011fi\u015ftirilir ve ilgili model polarize edilebilir s\u00fcrekli ortam (PCM) modeli olarak adland\u0131r\u0131l\u0131r.<\/p>\n
\n\u015eekil 3 Elektrostatik s\u00fcreklilik modeli (A) ve sonlu fark Poisson-Boltzmann (FDPB) y\u00f6ntemi (B).<\/p>\n
\nQM k\u00fcme modeli ile enzim katalizinin kimyasal ad\u0131mlar\u0131n\u0131 incelerken, ortam\u0131n reaksiyon b\u00f6lgesi \u00fczerindeki elektrostatik etkisini sim\u00fcle etmek i\u00e7in genellikle PCM modelini kullanmak gerekir. Reaksiyon s\u00fcreci y\u00fck da\u011f\u0131l\u0131m\u0131nda \u00f6nemli de\u011fi\u015fiklikler i\u00e7eriyorsa, s\u00fcrekli bir ortam kullan\u0131lmadan yap\u0131lan vakum QM hesaplamalar\u0131n\u0131n sonu\u00e7lar\u0131 makul de\u011fildir ve hatta hatal\u0131 nitel sonu\u00e7lara yol a\u00e7abilir. QM\/MM modelinde, reaksiyon merkezi genellikle MM tarz\u0131nda ele al\u0131nan \u00e7\u00f6z\u00fcnebilir molek\u00fcllerle \u00e7evrilidir ve genellikle s\u00fcrekli ortam reaksiyon alan\u0131n\u0131 dikkate almaya gerek yoktur. Bununla birlikte, sistemin net y\u00fck\u00fc reaksiyondan \u00f6nce ve sonra de\u011fi\u015firse (\u00f6rne\u011fin, redoks potansiyeli hesaplamalar\u0131), sistem s\u0131n\u0131r\u0131n\u0131n d\u0131\u015f\u0131ndaki \u00e7\u00f6zelti ortam\u0131n\u0131n reaksiyonun serbest enerjisine katk\u0131s\u0131n\u0131n dikkate al\u0131nmas\u0131 gerekebilir ve bu durumda QM\/MM sonu\u00e7lar\u0131 s\u00fcrekli ortam modeli kullan\u0131larak d\u00fczeltilebilir.
\nVerimlilik ve do\u011frulu\u011fu dengeleyen bir y\u00f6ntem olarak MM\/PBSA, protein-protein ve protein-k\u00fc\u00e7\u00fck molek\u00fcl komplekslerinin afinitesini analiz etmek i\u00e7in kullan\u0131labilir [49].<\/sup> Hata iptalini sa\u011flamak i\u00e7in, bir konformasyon koleksiyonu elde etmek \u00fczere komplekslerin a\u00e7\u0131k \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc molek\u00fcler dinamik sim\u00fclasyonlar\u0131n\u0131 ger\u00e7ekle\u015ftirmek; her bir kompleks konformasyonu i\u00e7in s\u0131ras\u0131yla kompleksin b\u00fct\u00fcn\u00fcn\u00fcn ve kompleksi olu\u015fturan her bir monomerin MM\/PBSA enerjisini hesaplamak; ve b\u00fct\u00fcn\u00fcn MM\/PBSA enerjisi ile t\u00fcm konformasyon i\u00e7in monomerlerinki aras\u0131ndaki fark\u0131n ortalamas\u0131n\u0131 kullanarak ba\u011flanma serbest enerjisini yakla\u015f\u0131k olarak hesaplamak gelenekseldir. Bu y\u00f6ntem, substrat afinitesini etkileyen s\u0131cak nokta kal\u0131nt\u0131lar\u0131n\u0131 analiz etmek i\u00e7in kullan\u0131labilir ve ayr\u0131ca mutantlardaki substrat se\u00e7icili\u011fi de\u011fi\u015fikliklerini tahmin etmek i\u00e7in de kullan\u0131labilir.<\/p>\n
\nProteinler gibi biyomolek\u00fcl sistemlerinin hesaplamal\u0131 kimya y\u00f6ntemleri ile incelenmesi 40 y\u0131l\u0131 a\u015fk\u0131n bir ge\u00e7mi\u015fe sahiptir. Bu y\u00f6ntemler, kendilerini s\u00fcrekli geli\u015ftirirken end\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131nda giderek daha yayg\u0131n bir \u015fekilde kullan\u0131lmaktad\u0131r. \u00c7in'in hem hesaplamal\u0131 kimya hem de end\u00fcstriyel enzim m\u00fchendisli\u011fi alan\u0131ndaki ara\u015ft\u0131rma ekipleri geni\u015flemekte ve ara\u015ft\u0131rma yetenekleri h\u0131zla geli\u015fmektedir. Hesaplamal\u0131 kimyan\u0131n enzim m\u00fchendisli\u011findeki uygulamas\u0131, bu iki disiplinin \u00e7apraz kombinasyonu daha da yak\u0131nla\u015ft\u0131k\u00e7a geni\u015fleyecek ve derinle\u015fecektir. Protein m\u00fchendisli\u011fi, y\u00f6nlendirilmi\u015f evrim ve di\u011fer tekniklerin end\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131 \u00fczerinde b\u00fcy\u00fck etkisi olmu\u015ftur. Hesaplamal\u0131 y\u00f6ntemlerin gelecekteki geli\u015fiminin, \u00f6zellikle de yeni enzim tasar\u0131m y\u00f6ntemlerinin at\u0131l\u0131m\u0131n\u0131n, sentetik biyoloji \u00e7a\u011f\u0131nda end\u00fcstriyel enzim ara\u015ft\u0131rmalar\u0131 i\u00e7in yeni teknolojik at\u0131l\u0131mlar getirmesi beklenmektedir.<\/p>\n\u015eimdi Bize Ula\u015f\u0131n!<\/b><\/strong><\/h2>\n
Fiyata ihtiyac\u0131n\u0131z varsa, l\u00fctfen a\u015fa\u011f\u0131daki forma ileti\u015fim bilgilerinizi doldurun, genellikle 24 saat i\u00e7inde sizinle ileti\u015fime ge\u00e7ece\u011fiz. Bana e-posta da g\u00f6nderebilirsiniz\u00a0info@longchangchemical.com<\/a><\/span>\u00a0\u00c7al\u0131\u015fma saatleri i\u00e7inde (8:30 - 6:00 UTC+8 Pzt.~Sat.) veya h\u0131zl\u0131 yan\u0131t almak i\u00e7in web sitesi canl\u0131 sohbetini kullan\u0131n.<\/b><\/strong><\/h4>\n
\n\n
\n Bile\u015fik Glukoamilaz<\/span><\/a><\/td>\n 9032-08-0<\/td>\n<\/tr>\n \n Pullulanase<\/span><\/a><\/td>\n 9075-68-7<\/td>\n<\/tr>\n \n Ksilanaz<\/span><\/a><\/td>\n 37278-89-0<\/td>\n<\/tr>\n \n Sel\u00fclaz<\/span><\/a><\/td>\n 9012-54-8<\/td>\n<\/tr>\n \n Naringinaz<\/span><\/a><\/td>\n 9068-31-9<\/td>\n<\/tr>\n \n \u03b2-Amilaz<\/span><\/a><\/td>\n 9000-91-3<\/td>\n<\/tr>\n \n Glikoz oksidaz<\/span><\/a><\/td>\n 9001-37-0<\/td>\n<\/tr>\n \n Alfa-Amilaz<\/td>\n 9000-90-2<\/td>\n<\/tr>\n \n Pektinaz<\/span><\/a><\/td>\n 9032-75-1<\/td>\n<\/tr>\n \n Peroksidaz<\/td>\n 9003-99-0<\/td>\n<\/tr>\n \n Lipaz<\/span><\/a><\/td>\n 9001-62-1<\/td>\n<\/tr>\n \n Katalaz<\/span><\/a><\/td>\n 9001-05-2<\/td>\n<\/tr>\n \n TANNASE<\/span><\/a><\/td>\n 9025-71-2<\/td>\n<\/tr>\n \n Elastaz<\/span><\/a><\/td>\n 39445-21-1<\/td>\n<\/tr>\n \n Urease<\/span><\/a><\/td>\n 9002-13-5<\/td>\n<\/tr>\n \n DEXTRANASE<\/span><\/a><\/td>\n 9025-70-1<\/td>\n<\/tr>\n \n L-Laktik dehidrojenaz<\/span><\/a><\/td>\n 9001-60-9<\/td>\n<\/tr>\n \n Dehidrojenaz malat<\/span><\/a><\/td>\n 9001-64-3<\/td>\n<\/tr>\n \n Kolesterol oksidaz<\/span><\/a><\/td>\n 9028-76-6<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"